I grandi passi fatti per raggiungere l’integrazione economica e la libera circolazione all’interno dell’Unione non furono accompagnati da un analogo sviluppo politico e sociale. Anzi, proprio l’esigenza di rispettare i rigidi criteri di Maastricht pesò non solo sulle economie più deboli ma anche sui paesi più ricchi dell’UE, provocando un diffuso disagio sociale di cui la disoccupazione (i senza-lavoro erano nel 1998 venti milioni, il 10% della popolazione attiva) fu la più grave, ma non l’unica causa. L’"Agenda 2000", presentata al Parlamento europeo nel luglio dello stesso anno da Jacques Santer, fu lo strumento che l’Unione si diede per affrontare i due grandi temi all’ordine del giorno: l’individuazione di politiche atte a conseguire una crescita sostenibile, l’aumento dell’occupazione e il miglioramento delle condizioni di vita dei cittadini dell’Unione; la ristrutturazione delle istituzioni comunitarie e l’iniziativa politica ed economica rivolta a preparare i paesi candidati alla piena adesione.

I problemi dell’occupazione, della sicurezza e libertà dei cittadini, e della giustizia furono posti alla base del trattato di Amsterdam, firmato nell’ottobre 1997 ed entrato in vigore nel maggio 1999, dopo la ratifica di tutti gli stati membri. Nel dicembre dello stesso anno il Consiglio Europeo avviò i negoziati con alcuni dei paesi candidati all’ingresso nell’UE.

Con la riunione del Consiglio Europeo a Nizza nel dicembre 2000 e con il successivo Trattato di Nizza del febbraio 2001, si ebbe un’importantissima svolta nella storia dell’Unione Europea. Il Trattato era infatti rivolto ad emendare tutti i precedenti accordi per adattare la struttura e il funzionamento delle istituzioni europee (risalenti alla fondazione della Comunità Europea) all’ampliamento e, in particolare, per dotarle di maggiori poteri decisionali ed esecutivi. Il Trattato di Nizza stabilì i criteri di trasformazione dei principali organi istituzionali dell’Unione: il Parlamento, il Consiglio, la Commissione, la Corte di giustizia, la Corte dei conti, il Comitato economico e sociale e il Comitato delle regioni (tutti destinati a cambiare per numero di membri e funzioni). Al Trattato venne allegata una "Dichiarazione sul futuro dell’Unione", rivolta a sollecitare i Parlamenti nazionali, il mondo politico, economico e accademico, la stessa società civile a intervenire sulle delicate questioni politiche, economiche e sociali sollevate dall’ampliamento e dalla trasformazione dell’Unione Europea. A Nizza fu infine proclamata la "Carta dei diritti fondamentali dell’Unione", che costituiva un primo passo verso una vera e propria Costituzione europea.

Nell’ottobre del 2002 la Commissione diede avvio all’ultima fase di negoziati per l’ingresso nell’UE, attuato il 1° maggio 2004, di dieci dei dodici candidati: Cipro, Estonia, Lettonia, Lituania, Malta, Polonia, Repubblica Ceca, Repubblica Slovacca, Slovenia e Ungheria.